Institut für Medizinische Statistik - UMG

Dr. Manuel Nietert


Wissenschaftlicher Mitarbeiter - AG Statistische Bioinformatik
Telefon:
0551-39-10709
Telefax:
0551-39-4995
E-Mail:
Manuel.Nietert@med.uni-goettingen.de
Ort:
Humboldtallee 32, EG
Forschungsinteressen / - aktivitäten

Bio- und Chemieinformatik:
Drug Design, Liganden- und Rezeptor-basiertes Virtuelles Screening, RNA-Liganden-Wechselwirkung, Machine-Learning-Verfahren, künstliche Neuronale Netze, Selbst-organisierende Karten, Cluster-Verfahren, Pharmakophor-Modellierung, QSAR, Mustererkennung angewandt auf chemische Deskriptoren, Datenanalyse von Moleküldynamik-Simulationen, Durchflusszytometrie, Analyse von Zelltracks, Datenmanagement.

Projektarbeit:


Programmierung:
Java, MATLAB, SQL, Perl, Python, Shell-Scripting, C, R, KNIME.
Kurzer Lebenslauf

[seit 09/2010] Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Universitätsmedizin, Göttingen
[08/2007 - 07/2009] Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Technische Universität Darmstadt
[08/2004 - 07/2007] Wissenschaftlicher Mitarbeiter,
Goethe-Universität Frankfurt am Main

Talks


Using KNIME in the MetastaSys consortium context Systems Biology Data Management Foundry: A meeting for practitioners 2014-10-06; Heidelberg

Integrating RPPanalyzer into KNIME based graphical workflow analysis pipelines 2nd Reverse Phase Protein Array Global Workshop 2012-11-12; Edinburgh

Automated Classification of Cell Populations with Multi-channel Flow Cytometry Data - Challenges in Mapping a Sparsely Populated Data Space 58. Biometrisches Kolloquium 2012-03-12; Berlin

Veröffentlichungen


Linke F, Harenberg M, Nietert MM, Zaunig S, von Bonin F, Arlt A, et al. Microenvironmental interactions between endothelial and lymphoma cells—a role for the canonical WNT pathway in Hodgkin lymphoma. Leukemia [Internet]. 2016 [cited 2016 Aug 23]; Available from: http://www.nature.com/leu/journal/vaop/naam/abs/leu2016232a.html
Linke F, Zaunig S, Nietert MM, von Bonin F, Lutz S, Dullin C, et al. WNT5A: a motility-promoting factor in Hodgkin lymphoma. Oncogene [Internet]. 2016 [cited 2016 Aug 9]; Available from: http://www.nature.com/onc/journal/vaop/ncurrent/full/onc2016183a.html
Von der Heyde S, Wagner S, Czerny A, Nietert M, Ludewig F, Salinas-Riester G, et al. mRNA Profiling Reveals Determinants of Trastuzumab Efficiency in HER2-Positive Breast Cancer. PLoS ONE. 2015;10:e0117818.
Conradi L-C, Styczen H, Sprenger T, Wolff HA, Rödel C, Nietert M, et al. Frequency of HER-2 Positivity in Rectal Cancer and Prognosis. The American Journal of Surgical Pathology. 2013;37:522–31.
Tanrikulu Y, Nietert M, Scheffer U, Proschak E, Grabowski K, Schneider P, et al. Scaffold Hopping by “Fuzzy” Pharmacophores and its Application to RNA Targets. ChemBioChem. 2007;8:1932–6.
Böcker A, Sasse BC, Nietert M, Stark H, Schneider G. GPCR Targeted Library Design: Novel Dopamine D3 Receptor Ligands. ChemMedChem. 2007;2:1000–5.

Poster


Nietert M, Wagner S, Bleckmann A, Schneeweiss A, Arlt D, Beissbarth T (2012) Automated Classification of Cell Populations with Multi-channel Flow Cytometry Data - Using Sparse Grids Classifying A Sparsely Populated Data Space, Workshop Statistical and dynamical models in biology and medicine, Stuttgart.

Nietert M, Brecht M, Weisel M Zacharias M, Schneider G, Göringer HU (2009) RNA-based anti-parasitic strategies: RNA editing as a drug target - decomposition of RNA/inhibitor interaction, CRC579 Symposium "RNA-Ligand-Interactions", Frankfurt am Main.

Weidlich M, Nietert M, Beckhaus T, Schneider G, Stein T und Karas M (2008) Proteomanalytische Charakterisierung neuer antimikrobieller Translationsinhibitoren mittels 2-D DIGE Technologie. 41. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Massenspektrometrie (DGMS), Giessen.

Weidlich M, Nietert M, Suhartono M, Göbel M, Schneider G, Stein T, Karas K (2007) Rational Approaches to Discover Novel Antimicrobial RNA-Ligands. Joint Meeting on Medicinal Chemistry, Portoroz/Slowenien.

Tanrikulu Y, Proschak E, Nietert M, Grabowski K, Scheffer U, Göbel M, Schneider G (2007) Virtual Screening for Novel TAR RNA Ligands with LIQUID: Scaffold-hopping Using a Combination of Automated Ligand Docking and Fuzzy Pharmacophore Modeling, Fourth Joint Sheffield Conference on Cheminformatics, Sheffield.

Grabowski K, Meissner M, Schüller A, Nietert M, Proschak E, Tanrikulu Y, Stauch B, Münk C, Scheffer U, Cichutek K, Schubert-Zsilavecz M, Göbel M, Schneider G (2007) Applications of MOE in an Academic Environment, European User Group Meeting der Chemical Computing Group, Berlin.

Nietert M, Weisel M, Proschak E, Kestner E, Gohlke H, Schneider G (2007) Automated Prediction of Putative Binding Sites in Flexible RNA-Targets, International Symposium "RNA-Ligand-Interactions", Frankfurt am Main.

Nietert M, Tanrikulu Y, Grabowski K, Scheffer U, Göbel M, Weidlich M, Karas M, Kestner E, Gohlke H, Schneider G (2006) Virtual Screening for RNA Ligands - Coping with the Flexibility of Drug Targets, 2nd German Conference on Cheminformatics, Goslar.

Prüfungsarbeiten


Nietert M (2008) - Dissertation: "Virtuelles Screening nach RNA-Liganden: zum Umgang mit einer flexiblen Zielstruktur", Goethe-Universität Frankfurt am Main.

Nietert M (2004) - Diplomarbeit: "Vorhersage der Blut-Hirnschrankengängigkeit von Molekülen mit künstlichen neuronalen Netzen", Goethe-Universität Frankfurt am Main.